É originário da Suiça, foi inventado durante os frios invernos alpinos, quando as montanhas e os vales ficavam cobertos pela neve e as pequenas vilas isoladas, quando então, o abastecimento de alimento fresco não era possível. Daí os produtos mais comuns eram o queijo, o pão e o vinho.

A palavra fondue é de origem francesa "fondre" que significa derreter. Por isso o queijo usado precisa ser de fácil digestão.
A tradicional receita de fondue suiço tem o nome da região onde foi criado Neuchâtel e usa os queijos gruyère e emmental. Porém, outras regiões da Suiça usam seus próprios queijos e vinhos. Ingredientes como: presunto, ovos e tomates eram também adicionados, foi como a fondue se espalhou pelos países vizinhos possibilitando outras variações.

Por volta do final do século XVII, a fondue chegou à França e segundo Brillat-Savarin esta era sua receita:
"Estabeleça o número de ovos que for empregar de acordo com o número presumido dos comensais. A seguir tome pedaços de queijo gruyère que pese um terço dos ovos, e uma porção de manteiga que pese a sexta parte desse peso.
Quebre e bata bem os ovos numa caçarola, juntando depois a manteiga e o queijo ralado ou cortado em fatias finas. Ponha caçarola em fogo forte, e vire a mistura com uma espátula até que ela esteja convenientemente espessa e macia; acrescente um pouco de sal, conforme o queijo for mais ou menos velho e uma boa pitada de pimenta, que é um dos ingredientes essenciais dessa antiga preparação; sirva num prato levemente aquecido; providencie o melhor vinho para beber enquanto come, e verá maravilhas."

Como tantas outras deliciosas criações gastronômicas, o fondue de queijo nasceu da necessidade. A origem do Fondue de Queijo, faz parte daquele rol de histórias em que hoje tudo parece ser muito gostoso, pensado para agradar os paladares, combinação perfeita de sabores, mas, na verdade, não é nada disso. Como o famoso dito popular cita: “A necessidade é a mãe das invenções!”. Foi feito porque era preciso e não porque alguém imaginou que poderia ser gostoso e romântico.

Segundo Maria Lúcia Gomensoro em seu “Pequeno Dicionário de Gastronomia” (editora Objetiva). A origem do Fondue de Queijo , uma iguaria Suíça está na Idade Média. Em função de uma superprodução de queijos, para evitar a perda, surgiu a ideia de derreter a sobra em um grande caldeirão, acrescentando-se álcool, de forma a conservar os queijos. Enquanto o preparavam, os “inventores” do prato, provavam com pão para determinar o tempero adequado. E assim essa operação coletiva com o tempo deixou, o caráter de conservação e ganhou o de celebração mantendo o espírito de conjunto. Gruyère e Emmenthal são os dois queijos mais usados na preparação do fondue, além de serem suíços levam o nome das regiões onde são produzidos.